Przyczyny powstawania Zespołu Jelita Drażliwego nie są do końca znane. Obecnie mówi się często o kilku różnych grupach przyczyn, które w mniejszym lub większym stopniu mogą mieć wpływ na pojawianie się typowych zaburzeń czynnościowych, określanych wspólnie, jako Zespół Jelita Drażliwego. Oprócz czynników takich jak dieta, dziedziczenie skłonności, niezdrowy tryb życia, bardzo często wymienia się stres, jako jedną z kluczowych przyczyn oraz czynnik wzmacniający objawy zaburzeń.

IBS nie jest chorobą ciężką – nie stanowi poważne zagrożenia dla życia i zdrowia, jednakże ma bardzo poważny wpływ na komfort życia, co przekłada się na witalność oraz chęci do aktywnego funkcjonowania w społeczeństwie (a w szczególności podejmowania nowych wyzwań). Często wpływa negatywnie na życie towarzyskie oraz utrudnia prawidłowe funkcjonowanie w pracy (dane epidemiologiczne wskazują, że Zespół Jelita Drażliwego stanowi drugi po przeziębieniach powód nieobecności w pracy).

Na sprawność funkcjonowania układu pokarmowego składają się 3 podstawowe układy. Skurcze i ruchy robaczkowe jelita są kontrolowane przez: układ nerwowy, hormony (wydzielane przez układy – pokarmowy i płciowy) oraz samą treść pokarmową (znajdującą się w jelitach – np. błonnik). Zachowanie układu pokarmowego w różnych sytuacjach stresowych świadczą o ogromnej roli układu nerwowego w regulacji pracy jelit. Może to wskazywać, że typ osobowości i czynniki emocjonalne mają swój poważny udział w powstawaniu zaburzeń chorobowych. Stany niepokoju sprzyjają biegunkom, a strach i przygnębienie wywołują zaparcia.

Przyczyny Zespołu Jelita Drażliwego nie są znane – obecne opracowania opierają się na powierzchownych (lecz długotrwałych) obserwacjach. Z obserwacji tych wynika, że u zdecydowanej większości pacjentów stwierdzono dolegliwości takie jak: zaburzenia osobowości, niepokój, depresja. Dolegliwości te są niewątpliwie związane ze stresem. Duża część pacjentów dostrzega też nasilenie objawów w sytuacjach stresowych.

Spośród proponowanych metod leczenia i radzenia sobie z uciążliwymi dolegliwościami lekarze często zalecają unikanie stresów – część z pacjentów korzysta również z porad lekarzy psychologów, aby dać sobie radę z Zespołem Jelita Drażliwego – ich praca jest w głównej mierze nastawiona na pomoc w kontrolowaniu IBS a nie rzeczywiste leczenie zespołu.

Od wielu lat naukowy badają związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy stresem a ZJD. U zdecydowanej większości badanych odnotowano występowanie pewnych zaburzeń nerwowych. Wciąż jednak nie wiadomo czy to one warunkują powstawanie ZJD, czy może są skutkiem uciążliwych dolegliwości, które na co dzień utrudniają życie osobom z ZJD.

Jeszcze do niedawna wnioski na temat zależności pomiędzy stresem a występowaniem Zespołu Jelita Drażliwego oparte były na skromnych testach mówiących w sposób pośredni o występowaniu takiej zależności. Zależność stresu i IBS staje się coraz poważniejszym tematem w środowisku lekarskim. Już w 2007 roku zostały przeprowadzone badania, które wskazywały na to, że stres i IBS idą ze sobą w parze.